奧林匹克運動從80年代開始改革以來，趕上了時代發展的潮流，克服了危及奧林匹克運動生存的經濟危機和政治危機。但是奧林匹克運動仍然存在的一些難題，構成了對其本身未來發展的挑戰。

　　（一）對國際奧委會獨立性的挑戰主要來自政治對奧林匹克運動的干預。在不同的歷史時期，政治對奧林匹克運動的干預是不同的。在第二次世界大戰結束后長達40年的時期內，奧林匹克運動經歷了許多政治風暴的考驗，其中影響最大的是70至80年代奧運會所面臨的一次次大規模的政治抵制。這些政治抵制的根本原因是東西方兩大集團之間經濟、政治利益的沖突和南非種族主義與非洲國家反種族主義的矛盾。在奧林匹克運動未來的發展中，出現同樣大規模抵制的可能性大大減少。這是因為世界的政治格局已經發生了巨大變化，進行大規模抵制的政治動因已大大削弱。但企圖左右國際奧委會對其事務獨立進行決策的政治勢力還存在，國際奧委會為了保持自己的獨立性，在承認奧林匹克運動與政治不可分割的同時，堅決反對把奧運會作為某個國家政府的政治工具，對各種政治干擾采取了有效的對策，如1992年聯合國安理會通過757號決議，對南斯拉夫進行制裁，要各會員國禁止南運動員進入他國領土參加國際比賽；而國際奧委會并沒有簡單服從，經過一系列策略外交，使南斯拉夫運動員以個人身份參加了巴塞羅那25屆奧運會比賽。此外，使美國國會對北京申辦2000年奧運會的非議和干涉，也遭到國際奧委會的公開批評。這些都表現出國際奧委會的獨立立場。

　　（二）三大支柱間矛盾的挑戰國際奧委會、國際單項體育組織和國家（地區）奧委會是奧林匹克運動發展的基石，三者之間的團結、協作是極為重要的。在1973年恢復自1930年中斷的奧林匹克代表大會上，特別討論了三者團結的重要性。目前三者之間的關系，總的來說是融洽的，但也存在潛在的危險，主要表現在權力和經濟利益分配上。

　　①遴選奧運會主辦城市國際奧委會認為，遴選主辦城市是國際奧委會的獨有權利。但現實情況看，國際單項體育組織負責奧運會的一切技術問題，如比賽規則、運動員及格標準、每個國家（地區）參加每個單項的運動員人數等；是否允許職業選手參賽，也屬其權限所在。國家和地區奧委會負責派出參加奧運會的運動員，派哪些項目、派多少人數，均由國家和地區奧委會自己決定。基于上述理由，國際單項體育組織和國家（地區）奧委會認為，遴選主辦城市也與它們密切有關，希望改變今日遴選主辦城市由國際奧委會獨家投票決定的狀況。

　　②委員制國際奧委會委員是由國際奧委會直接遴選的。根據《奧林匹克憲章》規定，這些委員是"國際奧委會在他們各自國家的代表，而不是他們國家（地區）在國際奧委會的代表"。奧林匹克運動一切問題的討論都是在國際奧委會內部進行，而奧林匹克運動開展的實體國家（地區）奧委會，只享有十分微小的決策權。目前國際奧委會共有202個國家和地區奧委會成員，現任國際奧委會委員僅119人，且有些國家占有兩名或以上委員。一些國家奧委會對此持有異意，要求改變現行的組織結構，變委員個人制為各國（地區）奧委會的代表制，一國一票，使自己在奧林匹克運動發展中擁有更多的發言權。

　　上述問題由來已久，但隨著奧林匹克運動的發展，日益明顯突出，有待于國際奧委會、國際單項體育組織和國家（地區）奧委會三方面協商解決。

　　（三）商業化的挑戰商業化是使體育運動適應現代社會的一個最有力的因素。利用商業手段尋求發展，已經成為當代奧林匹克運動的一個重要發展趨勢。商業化使奧林匹克運動擺脫了經濟上進退兩難的困境。但商業化也會影響奧運會競技運動的正常進行，如漢城奧運會的許多比賽本應在下午或晚上進行，但為滿足電影廣播權最大買主美國電視廣播公司的要求，組委會將比賽移到早晨以順應美國東部電視的黃金時間。這種移動顯然會影響運動員水平的正常發揮。國際奧委會為使商業化能按照有利于奧林匹克運動發展的軌道前進，采取若干控制措施：堅持在奧運會比賽場地及其上空不準進行任何形式的廣告宣傳的原則，使奧運會在世界各種國際體育大賽中，成為唯一沒有商業廣告的運動會；擴大經濟來源，降低電視轉播權收入在總收入中的比例，以減少對電視廣播公司的依賴；設立奧林匹克團結基金，加強對不發達國家的援助。但如何防止過度商業化，仍是國際奧委會面臨的新課題。